外三科（心胸外科）成立于2000年，拥有技术精湛的医护人员，先进的手术监护和现代化的监护室。经过15年的发展，心胸外科创建了集医疗、护理、科研为一体的优秀团队，成功救治了众多先天性心脏病及胸科患儿。科室在长春市乃至吉林省都处于领先地位。

现有主任医师2名，副主任医师1名，主治医师1名，住院医师2名，其中硕士研究生3名，专科护士10人。科室拥有床位10张，监护床位3张。

科室开展了室间隔缺损，房间隔缺损，动脉导管未闭，肺动脉狭窄，法洛四联症，肺静脉异位引流，心内膜垫缺损，Ebstain畸形等先天性心脏病手术。同时，科室开展了漏斗胸、鸡胸、膈膨升，膈疝，肺隔离症，肺部肿瘤，肺大泡，肺囊肿，纵隔肿瘤，急慢性脓胸，肋骨肿瘤等胸科手术。

2005年心胸外科被吉林省卫生厅命名为吉林省残疾孤儿手术康复明天计划指定科室。2008年被长春市政府指定为健康长春行动计划先天性心脏病手术定点科室。心胸外科长期与北京儿童医院合作，是北京儿童医院在长专家会诊中心。

长春市儿童医院心胸外科作为吉林省儿童医疗中心的重点科室，在先天性心脏病和胸科疾病的治疗上做出巨大的贡献，取得明显的社会效益，并通过医疗、科研、教学等逐渐成为覆盖全省、惠及每一名患儿。心胸外科全体医护人员将恪守“生命相托、健康所系”的医学誓言，以更精湛的技术、更优质的服务来满足广大患儿的需要。